Έχει κατασκευαστεί και λειτουργεί πλήρες αποχετευτικό σύστημα για τη διαχείριση των λυμάτων και των όμβριων της πόλης, το οποίο περιλαμβάνει :

  • ΔΙΚΤΥΟ ΣΥΛΛΟΓΗΣ ΚΑΙ ΜΕΤΑΦΟΡΑΣ ΤΩΝ ΛΥΜΑΤΩΝ (ΑΚΑΘΑΡΤΩΝ) ΣΤΟΝ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΚΑΘΑΡΙΣΜΟ ΤΗΣ ΠΟΛΗΣ.
    • Το δίκτυο αυτό αποτελείται από αρκετές εκατοντάδες χιλιομέτρων αγωγών, που μεταφέρουν κατά κύριο λόγο με βαρύτητα τα λύματα στον Βιολογικό Καθαρισμό.Τα χαμηλά σημεία του Ηρακλείου, όπως η παράκτια ζώνη, εξυπηρετούνται για τη μεταφορά των λυμάτων τους από δεκαπέντε (15) αντλιοστάσια, τα οποία φροντίζουν για τη μεταφορά των λυμάτων στους κεντρικούς συλλεκτήριους αγωγούς
  • ΔΙΚΤΥΟ ΣΥΛΛΟΓΗΣ ΚΑΙ ΜΕΤΑΦΟΡΑΣ ΤΩΝ ΟΜΒΡΙΩΝ ΥΔΑΤΩΝ ΣΤΗ ΘΑΛΑΣΣΙΑ ΠΕΡΙΟΧΗ ΤΟΥ ΚΟΛΠΟΥ ΗΡΑΚΛΕΙΟΥ.
    • Όλο το παλιό αποχετευτικό δίκτυο του Ηρακλείου, έχει μετατραπεί σε δίκτυο όμβριων, το οποίο συλλέγει και μεταφέρει τα όμβρια, κατά τις ημέρες των βροχοπτώσεων, σε διάφορα σημεία του θαλάσσιου μετώπου του Ηρακλείου.
  • ΚΕΝΤΡΙΚΟ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΚΑΘΑΡΙΣΜΟ ΠΟΥ ΕΠΕΞΕΡΓΑΖΕΤΑΙ ΤΑ ΛΥΜΑΤΑ ΤΗΣ ΠΟΛΗΣ.
    • Ο κεντρικός Βιολογικός Καθαρισμός του Ηρακλείου ξεκίνησε να λειτουργεί τον Απρίλιο του 1996 και σήμερα παραλαμβάνει και επεξεργάζεται περίπου 30.000 κυβικά λυμάτων ημερησίως, προερχόμενα από το ευρύτερο πολεοδομικό συγκρότημα του Ηρακλείου, που περιλαμβάνει εκτός από το Ηράκλειο, τη Νέα Αλικαρνασσό και το Γάζι.
    • Τα επεξεργασμένα λύματα του Βιολογικού Καθαρισμού είναι κατάλληλα για άρδευση, με μια μικρή επιπλέον επεξεργασία, ενώ είναι σε εξέλιξη πρόγραμμα με 100% χρηματοδότηση από τον Ευρωπαϊκό Οικονομικό Χώρο και το Ελληνικό Δημόσιο , σύμφωνα με το οποίο ορισμένες γεωργικές περιοχές των Δήμων Ηρακλείου και Τεμένους θα αρδεύονται με ένα τμήμα των επεξεργασμένων λυμάτων του Βιολογικού. Το πρόγραμμα προβλέπεται να ολοκληρωθεί το 2010. Η παραγόμενη λυματολάσπη (κύριο παραπροϊόν του Βιολογικού) είναι κατάλληλη ια εδαφοβελτιωτικό , ιδιαίτερα όταν τύχει κάποιας πρόσθετης επεξεργασίας , όπως είναι η κομποστοποίηση είτε η ηλιακή ξήρανση.
    • Σύντομα θα γίνεται κομποστοποίηση της λυματολάσπης στο χώρο του ΧΥΤΑ , στο Φόδελε, με χρηματοδότηση από το πρόγραμμα ΘΗΣΕΑΣ. Η κομποστοποίηση μετατρέπει τη λυματολάσπη σε προϊόν κατάλληλο είτε για γεωργική χρήση ως εδαφοβελτιωτικό είτε σε υλικό κατάλληλο για ανάμιξη με τα στερεά απορρίμματα είτε ως υλικό επικάλυψης των απορριμάτων.
  • ΑΓΩΓΟ ΜΕΤΑΦΟΡΑΣ ΤΩΝ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΜΕΝΩΝ ΛΥΜΑΤΩΝ ΑΠΟ ΤΟ ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΚΑΘΑΡΙΣΜΟ ΕΩΣ ΤΟ ΣΗΜΕΙΟ ΤΗΣ ΥΠΟΘΑΛΑΣΣΙΑΣ ΔΙΑΘΕΣΗΣ ΤΟΥΣ.
    • Μετά το Βιολογικό Καθαρισμό τα επεξεργασμένα λύματα μεταφέρονται με αγωγό μήκους 4 χιλιομέτρων επί ξηράς και ενός χιλιομέτρου υπό τη θάλασσα στο τελικό σημείο διάθεσής τους. Αυτό βρίσκεται ανοικτά των εκβολών του ποταμού Γιόφυρου και σε βάθος θαλάσσης περίπου 12 μέτρων.
    • Εκτός από τα παραπάνω, στο αποχετευτικό σύστημα περιλαμβάνονται και οι μικροί Βιολογικοί Καθαρισμοί που εξυπηρετούν τα τοπικά διαμερίσματα του Δήμου Ηρακλείου (Δαφνές , Βούτες, Σταυράκια Σκαλάνι, Βασιλειές, Άγιος Βλάσσης, Καλλιθέα).

Οι μικροί αυτοί Βιολογικοί Καθαρισμοί βασίζονται σε απλά συστήματα επεξεργασίας. Έχουν ξεκινήσει να τίθενται σε λειτουργία και η διαδικασία αυτή θα ολοκληρωθεί το αμέσως προσεχές διάστημα.